Johannes Nalepa, 1981 im niederbayerischen Landshut geboren, erhielt seinen ersten Klavierunterricht im Alter von vier Jahren bei Sylvia Deraéd, später bei Antje Bremecke und Gerhard Wegner an der Musikschule Dingolfing. Mit zwölf Jahren bekam er seinen ersten Cellounterricht bei Fred Flassig, der ihn auch in den kommenden Jahren auf dem Kontrabass ausbildete. Mit 18 Jahren wurde er Jungstudent an der Münchner Musikhochschule in der Klasse von Matthias Weber, bei dem er sein Studium nach dem Abitur 2001 fortsetzte. 2004 wechselte er nach sechs Semestern an die Hochschule für Musik Carl Maria von Weber nach Dresden, wo er bei Reiner Barchmann weiterstudierte und 2006 sein Studium abschloss.

Es folgte ein Aufbaustudium in Dresden, das er im Sommer 2008 mit dem Konzertexamen beendete.
Johannes Nalepa erwarb beim Wettbewerb »Jugend musiziert« mehrfach Preise als Korrepetitor, Kammermusiker und auf dem Kontrabass 2001 einen zweiten Preis auf Bundesebene. In Ergänzung dazu besuchte er Meisterkurse bei Wolfgang Güttler, Jiři Hudec und Bozo Paradzik.

Erste Orchestererfahrung sammelte Johannes Nalepa im Jahr 2004 und 2005 im Schleswig-Holstein Festival Orchester. Außerdem wirkte er 2005 auf dem Kammermusikfestival in Schnackenburg mit. Von 2004 bis 2007 war er Substitut der Sächsischen Staatskapelle Dresden, wo er sich 2007 ein Engagement als Tuttist erspielte.