Thomas Berndt erhielt seinen ersten Fagottunterricht bei Walter Stellmacher. Er absolvierte sein Studium in Dresden an der Hochschule für Musik Carl Maria von Weber bei Hans Wappler. Vor seinem Eintritt in die Staatskapelle im Jahr 1971 nahm Berndt Anstellungen bei den Thüringer Symphonikern Saalfeld-Rudolstadt sowie als Solofagottist in Bautzen und Meiningen an.

In der Sächsischen Staatskapelle Dresden hat er seit 2005 die Position des Solo-Kontrafagottisten inne. Neben seinen Aufgaben in der Staatskapelle engagiert er sich in Kammerensembles wie dem Philipp-Bläserquintett, der Cappella Sagittariana, der Kammerharmonie und dem Besozzi-Consortium.

Mit dem Barockfagott hatte er solistische Auftritte in Deutschland und Finnland.