Geboren im niederbayrischen Landshut erhielt Johannes Nalepa mit fünf Jahren seinen ersten Klavierunterricht an der Musikschule Dingolfing. Fred Fassig bildete ihn auf dem Violoncello und Kontrabass grundlegend aus. Nach dem Abitur studierte Johannes Nalepa im Hauptfach Kontrabass, zunächst von 2001 bis 2004 an der Hochschule für Musik München bei Matthias Weber, ab 2004 an der Hochschule für Musik Carl Maria von Weber Dresden

bei Reiner Barchmann. Er schloss sein Studium 2006 mit dem Diplom ab und qualifizierte sich für ein Aufbaustudium.
In den Jahren 2004 und 2005 war Mitglied des Schleswig-Holstein-Musikfestival-Orchesters und von 2004 bis 2007 Substitut der Staatskapelle Dresden, wo er sich 2007 ein festes Engagement erspielen konnte.