Bereits mit sechs Jahren erhielt Jens-Jörg Becker seinen ersten Instrumentalunterricht und gewann Preise bei »Jugend musiziert«. Sein Studium absolvierte er bei Robert Dohn in Stuttgart und Andreas Blau in Berlin. Darüber hinaus war er Stipendiat der Friedrich-Naumann-Stiftung.

Jens-Jörg Becker war in der Saison 1992/93 Flötist der Württembergischen Philharmonie Reutlingen und 1993/94 Solopiccolist des Philharmonischen Staatsorchesters Hamburg. Seit Herbst 1994 ist er Solopiccolist der Sächsischen Staatskapelle Dresden. Darüber hinaus ist er Mitglied der Bayreuther Festspielorchesters.
 

Solistisch konzertiert Becker vor allem im süddeutschen Raum, im Elsaß, bei den Sommerfestspielen Usedom, beim Musikalischen Sommerfestival Ostfriesland, mit der Staatskapelle Dresden, der Neuen Elbland Philharmonie Riesa, mit den Dresdner Kapellsolisten und mit den Virtuosae Saxoniae. Außerdem ist er Begründer des Allegria Ensembles Dresden.

Darüber hinaus ist Jens-Jörg Becker Lehrbeauftragter am Heinrich-Schütz-Konservatorium sowie der Hochschule für Musik Carl Maria von Weber in Dresden und Holzbläserdozent des Landesjugendorchesters Sachsen.